二代健保補充保費（2013年起施行）是針對一般保費以外的六類所得額外加收的健保費，費率為2.11%（2024年度）。六類補充保費所得包括：①高額獎金（單次超過投保金額4倍的部分）；②兼職所得；③執行業務收入；④股利所得；⑤利息所得；⑥租金收入。每次給付時由扣費義務人（雇主、金融機構、公司等）代扣，繳入健保署。

補充保費的計費方式：以「每次給付金額」為計費基礎，若該筆所得超過最低扣費金額（2萬元以上，部分項目不設下限），即按2.11%扣費；若單次金額低於2萬元，則免扣補充保費。股利所得方面，公司發放股利時依帳面金額計算補充保費，2024年超過94.1萬元的股利才有上限封頂規定。

補充保費並非「個人額外繳費」，而是由扣費義務人在給付所得時自動代扣，因此多數情況下民眾不需自行辦理申報。但若所得由個人收取（如房客匯租金、兼職個人收款），應由所得給付方代扣，若對方未扣繳，所得人可能需自行向健保署申報繳納。